Hernán Thomas es licenciado en Historia (Universidad Nacional de Luján) y profesor en Literatura, Castellano e Historia (Instituto Argentino de Enseñanza Superior). Fellowship (Advanced Training and Research in Science and Technology Policy), The United Nations University, Universidade Estadual de Campinas. Doctor en Política científica y tecnológica (Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil).
Posdoctorado en el Departamento de Política Científica e Tecnológica, Instituto de Geociencias (UNICAMP). Es investigador de carrera con categoría principal del Conicet y profesor titular en la Universidad Nacional de Quilmes.

Es director del Instituto de Estudios sobre la Ciencia y la Tecnología (IESCT-UNQ). Es también director del Programa de estudios Sociales de la Ciencia y la Tecnología del IESCT. Se desempeña como profesor permanente en la Universidade Estadual de Campinas. Es también profesor visitante en la Universidad Federal de Río de Janeiro,  en la Universidad Federal de la Integración Latinoamericana (NUNILA, Brasil), la Universidad Autónoma de México (UNAM), la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM México), en la Universidad de La Habana (Cuba) y en la Universidad de la República (Uruguay), entre otras. Es, a su vez, docente investigador (categoría 1) del programa de incentivos del Ministerio de Educación.